沖縄県は、数多くの島嶼より成り立っています。各島には数多くの河川が走り、河口にマングローブ水域が広がる場所も多くなっています。また、島の周囲の海域には、サンゴ礁に囲まれたサンゴ礁池（イノー）が広がっています。この陸水域と海域には、驚くほど多様性に富んだ魚類群集が形成されています。例えば、西表島の浦内川からは400種をこえる魚類が記録されていますが、いまだ新たな種が追加されています。さらに、純淡水魚のなかには、琉球列島で独自に進化したと考えられる学術的にも価値のある種が含まれています。近年の学術的研究の進展により、新記録種が追加されたり、それぞれの魚の生活史の解明、集団遺伝学的解析など情報の集積が進んでいます。河川と海洋を行き来する両側回遊魚については個体数の変動が大きいため継続的かつ慎重なモニタリングが必要です。また、海域に生息する魚の中には過度の漁獲圧や環境悪化などにより、個体数が著しく減少しているものが確認されており、第3版からはリストアップの対象としています。絶滅種にはリュウキュウアユ※があります。

※沖縄島北部では近年、奄美大島産リュウキュウアユが導入されています。

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