本県では、沖縄島北部にのみ生息するノグチゲラやヤンバルクイナのほか、宮古島のキンバト、八重山諸島のカンムリワシなど約50種もの留鳥が生息しています。夏鳥のベニアジサシや冬鳥のクロツラヘラサギなど季節的に飛来する種やサシバなどの渡り鳥や迷鳥も多く、これらを含めると本県からは約500種の鳥類が記録されていることになり、そのうち約1割の種が絶滅のおそれのある種に選定されています。絶滅種にはリュウキュウカラスバトやダイトウミソサザイなど5種があります。
近年、マングースやノネコなどの外来獣の増加により、やんばる地域ではヤンバルクイナの生息範囲が縮小しました。大規模な外来獣の駆除事業により、ヤンバルクイナの生息範囲は拡大傾向が見られはじめています。

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